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環保生物技術在汚染防治上的應用範圍很廣，包括：減少污染物質發生源向環境的排放度污染處理技術、環境中存在污染物質的淨化、除去的淨化技術、支援環境污染製品、生產的環境保護技術等。

污染物處理技術

包括：廢氣處理技術（SOX、NOX、惡臭、有害物質）、 水處理技術（下水、產業廢水、上水）、廢棄物處理技術（污泥、糞尿、難分解性有害物質）。

1.廢氣處理技術

也就是生物除臭技術，如：蚯蚓糞便之脫臭劑、培養土壤細菌，附著成粉末狀的脫臭劑、利用土壤微生物的土壤脫臭、利用鐵氧化菌去除硫化氫、固定菌體過濾式生物脫臭系、Thiobacillus thioparus固定化反應器去除硫惡臭、特殊除臭微生物製劑以及脫臭生物酵素製劑等。

2水及廢棄物處理技術

生物技術處理目標以低成本，造成二度污染程度少的方法為主。如：改良傳統活性污泥法、滴濾法、旋轉圓盤法、厭氣消化及堆肥化法等，而以生物技術處理廢棄物及汚染土壤的技術，也就是所謂的生物復育（bioremediation）一種。

對於已受污染的土壤或河川而言，其污染復育工程技術，包括：物化處理技術（如：萃取法、氣提法、固化安定法與焚化法），以及生物復育技術（如：好氣微生物法及厭氣微生物等）。

生物技術在這些領域的運用日漸重要，而新生物技術所發展出的重組 DNA技術，更成為微生物育種的有力工具，各種難以分解的物質，若以重組 DNA法以增強菌種的分解能力應是可行的方式。但經重組DNA改造的菌種是否造成二度污染，亦是值得討論的另一項課題。

總而言之，重組 DNA技術在此一汚染防治方面，可以應用的範圍包括：水處理、有毒害污染物處理，以及與物理、化學法配合項目等。

環境淨化技術

1.水質淨化技術

如：處埋地下水、飲用水及水產養殖用水的微生物製劑等。如：由土壤Pseudomonas mendocina KR-l株，可在甲苯中生長，將Trichloroethylene的氯脫離，再完全分解成水及二氧化碳。

將此菌單離出基因，選殖到大腸菌，獲得重組DNA大腸菌，可在幾小時內，將地下水所污染的Trichloroethylene20-125uM完全分解。

2.空氣淨化技術

多種植物可吸收空氣中污染物，在體內進行無毒化反應，而產生淨化空氣的能力。而微生物在空氣淨化處理上，過去雖較少被提及，事實上，近年來，這一方面的研究在先進國家進展得很快，並有多項成果已經實際運用在商業上。其重要性亦與日俱增，將來還可以配合大氣污染處理工程，發展成一新領域。

3. 土壤改良技術

此一技術與所謂的土壤污染處理有關。污染物所造成的土壤污染，可用生物技術法處理，分解特殊污染物的微生物製劑，生物反應器等淨化法。

如：由地表上壓入乾淨水到地下，循環通過土壤後再回到地表，回收水中的有害物質及重金屬等，可用生物反應器加以分解，其產生的氣體亦可由生物過濾器去除。

4.有害生物之去除

如河川及湖泊中紅潮及藻類的抑制。

環境偵測與評估技術

包括：偵測技術（生物感測器、指標生物），評估技術（毒性評估、生態系影響評估）。

1、環境偵測技術

生物感測器（biosensor）以酵素或微生物進行固定化，利用其認識分子的能力，將水中所含的物質反應轉變，再以電子學方法測出。目前，已應用在醫療及食品範圍。

在環保方面的應用有：BOD、氨、亞硝酸及有機酸定量用感測器、污水中除草劑的定量、毒物定量感測器等。

2、指標生物之利用

指標生物可用在物理及化學指標較難掌握的複雜環境的評估。

環境保護型技術

低環境污染技術（生物分解性塑膠及生物反應器），生態系保護及控制技術（地球環境等）。

1.低環境污染技術

如：生物分解性塑膠原料的開發，以及無公害農藥與微生物肥料製劑等。

2.生態系保護及控制技術

人工光合作用、二氧化碳固定技術的開發、減少大氣中二氧化碳含量以及解決溫暖化問題等。此項技術目前已發展成為地球環境產業。

微生物在整體環境保護方面的利用，不外乎去除污染與預防汚染，也就是將已污染的環境恢復原狀，以及如何減低環境繼續遭受污染的程度。微生物各項機能適用於這兩方面。

地球的所有物質會不斷保持循環，以維持生態的平衡，由於物質的循環，才能使得地球上有限的營養物與能量重複利用，地球上的生物也因而能夠延續生命。而擔任此一物質循環重要任務的，則是存在地球9萬種以上的微生物。

大部分的微生物係生存在土壤中，1公克土壤中有3-500X 106個細菌，1-20X106個放線菌，5-900X103個黴菌，此外，還有酵母與藻類，透過這些微生物的生命活動，物質循環才得以推動進行。

微生物扮演地球淨化

與生態平衡的角色？